Die Entstehung des Ortes dürfte im 8. oder 9. Jahrhundert stattgefunden haben, damals unter dem Namen Mistelbach oder Mistelpach, d. h. „zum Bach an dem die Misteln wachsen“.
Die heute Form dürfte eine Dialektform des früheren Namens sein. Historiker nehmen an, dass der Ort fränkischen Orsprungs ist.
Urkundlich taucht Mischelbach zum ersten Mal am 16. März 1624 auf. Die Ritter „Ulrich und Burchard, genannt von Wizenbure (Weißenburg)“ verkauften ihr Schloss zu Mischelbach an Bischof Hiltebrand zu Eichstätt, einem Blutverwandten, um es später wieder als Lehen zurückzuempfangen. 1302 wird Mischelbach mit vielen anderen Gemeinden der Umgebung, darunter auch Pleinfeld und Schloss Sandsee, vom letzten Grafen von Hirschberg, Gebhard VII., mit allen Rechten und Pflichten an Bischof Chunrad von Eichstätt für 2400 Pfund Heller verkauft. Bis 1802, also genau 500 Jahre bleibt Mischelbach unter der Hoheit des Fürstbistums Eichstätt. Weitere adlige Geschlechter aus der näheren Umgebung, wie ein „Chunrad Hoholt“ aus Absberg und ein „Marquart Lydwacher“ aus Pleinfeld, waren in Mischelbach begütert. Von 1413 bis 1719 sind keine direkten Nachrichten über Mischelbach vorhanden, doch in Unterlagen von Sandsee erfährt man, das hier zwischen 1515 und 1525 der Raubritter Hans Thomas von Absberg sein Unwesen trieb. Im Schmalkaldischen Krieg (1546 bis 1547) erlitt Sandsee, wahrscheinlich auch Mischelbach großen Schaden. 1636 wurde Sandsee vom schwedischen Obersten Sperreuth erobert und eingeäschert. Bis 1660 wurde das Schloss wieder aufgebaut. Die Zeit von 1793 bis 1805 war eine ziemlich „turbulente“ Zeit, vor allem, was die territorialen Gebietsansprüche in der Gegend betraf. So 1803 zerstörten napoleonische Truppen eine Kapelle in Mischelbach. 1802 kommt das Fürstenbistum Eichstätt und somit auch Mischelbach und Schloss Sandsee zum Neuerhobenen Königreich Bayern. Am 01.05 1808 erfolgt der Neuaufbau mit der Behördenorganisation, in der das Land in Steuerdistriktgemeinden eingeteilt wurde. Mischelbach wurde mit Fiegenstall, Kleinweingarten, Kemmnathen, Schloss Sandsee, Utzenmühle und Heizenmühle zu einer Steuerdistriktgemeinde erhoben. 1818 wurde in einer weiteren Neuordnung Fiegenstall selbstständige Steuergemeinde. Am 1. Juli 1862 traten die neu gegründeten Bezirksämter in Kraft. Bis 1880 gehörte Mischelbach zum Bezirksamt Neumarkt in der Oberpfalz und kam dann auf Wunsch Neumarkts zum Bezirksamt und Amtsgericht Weißenburg.
Am 27. Februar 1904 wurde die Freiwillige Feuerwehr Mischelbach gegründet. 1922 beginnt der Bau der St. Ottokirche.
1972 entschloss die Gemeinde Mischelbach im Zuge der Gemeindegebietsreform sich freiwillig der Gemeinde Pleinfeld anzuschließen. Nach 164 Jahren Selbstständigkeit hatte damit die politische Gemeinde Mischelbach aufgehört zu bestehen.
